素问上古天真论篇第一四气调神大论篇第二生气通天论篇第三金匮真言论篇第四阴阳应象大论篇第五阴阳离合论篇第六阴阳别论篇第七灵兰秘典论篇第八六节藏象论篇第九五藏生成篇第十五藏别论篇第十一异法方宜论篇第十二移
上品卷第一玉屑玉泉丹砂水银空青曾青白青扁青石胆云母朴硝硝石矾石芒硝滑石紫石英白石英青石脂赤石脂黄石脂白石脂黑石脂太一禹余粮禹余粮青玉白玉髓璧玉合玉石陵石碧石青五羽石石流青石流赤六芝赤箭龙眼猪苓茯苓茯神
药性赋第一章 寒性药第二章 热性药第三章 温性药第四章 平性药
湖岳村叟医案
鲁府禁方
叙上卷一、太极图抄引二、太极图（图缺）三、太极图说四、不知《易》者不足以言太医论五、问三才所同者于人身何以见之六、命门图说（图缺）七、右肾水火辩九、《难经正义》三焦评附：东垣三焦论十、问诊三焦包络十一
自序卷一医范医鉴慎疾保生慎药求医诊法脉用药卷二古人今人古书今书卷三形体中风伤寒阴证阳证暑暑风霍乱转筋（俗称吊脚痧）热热入心胞疫痧疟三阴疟痢泻疝咳嗽噎吐头痛胁痛腹痛肝病七情不寐卷四吐血诸血汗疸肿消伤食邪
《卫生易简方》序进《卫生易简方》表稿卷之一诸风诸寒诸暑诸湿伤寒卷之二头风头痛眩晕霍乱呕吐泄泻诸痢诸疟脾胃五噎反胃咳嗽卷之三痰饮喘急咳逆诸气疝气心痛腰胁痛发痧脚气五痹五疸卷之四虚劳骨蒸劳瘵泄精赤白浊吐血
简介自序东洞先生著述书日记卷上卷中卷下跋《药征续编》序卷上卷下《药征续编》附录《药征续编》附言十七则
推篷寤语